Современная Ханья находится на территории древнего полиса Кидонии. Как гласит легенда, правителем здесь был сын царя Мидоса по имени Кидон (отсюда и название). Богатейшие находки тех времен имеют огромное историческое значение и бережно хранятся в музеях города. Кидония просуществовала до конца первого византийского периода и подверглась разрушению. Позднее город возродился, однако былой блеск был на некоторое время потерян. На гербе Ханьи до сих пор написано название Кидон.
